Naapuruussovittelutoiminta käynnistyi aluksi Raha-automaattiyhdistyksen (RAY) ja Ympäristöministeriön rahoittamana Suomen Pakolaisapu ry:n koordinoimana KOTILO -projektina (2006-2008).
KOTILO –projektin tarkoituksena oli luoda käytäntöjä asumisviihtyvyyden parantamiseksi alueilla, joissa asuu paljon maahanmuuttajataustaisia henkilöitä. Projektissa keskityttiin asukkaiden välisten konfliktien ennaltaehkäisyyn mm. asumisneuvonnan, aineiston tuottamisen ja koulutuksen avulla mutta myös jo syntyneiden ristiriitojen sovitteluun. Sovittelutoiminnassa KOTILO teki yhteistyötä Suomen Sovittelufoorumin kanssa ja mukaan koulutustoimintaan lähti pitkään rikos- ja riita-asioiden sovittelijana toiminut Jens Gellin. Kotilo-projektin puitteissa luotua naapuruussovittelumallia kokeiltiin ensisijaisesti Espoon kruunu Oy:n (nyk. Espoon Asunnot) , VAV Asunnot Oy:n, Myllypuron Kiinteistöt Oy:n, TVT Asunnot Oy:n sekä Tampereen Vuokratalosäätiön kohteissa.
Toiminta oli päättymässä projektina vuonna 2013 mutta rahoitusta saatiin kuitenkin vielä vuodelle 2014, jolloin päävetovastuuseen palkattiin Miriam Attias. Asumisneuvonta ja siihen liittyvä koulutustoiminta päätettiin ja toiminta suunnattiin vielä vahvemmin sovitteluun, johon RAY myönsi uuden avustuksen vuosille 2015-2018. Naapuruussovittelun keskus perustettiin tammikuussa 2015 Suomen Pakolaisavun koordinoimana hankkeena.
Vuosina 2015-2018 toimintaa kehitettiin laajasti esimerkiksi luotiin verkostoja tärkeisiin asumisentoimijoihin keskeisillä paikkakunnilla, järjestettiin koulutustoimintaa, luotiin yhteisösovittelunmalli turvapaikanhakijoiden ja valtaväestön välisiin lisääntyviin konflikteihin ja luotiin Naapuruussovittelun käsikirja.
Naapuruussovittelun keskus siirtyi Suomen Pakolaisapu ry:sta Suomen Sovittelufoorumiin maaliskuun alusta 2019. Toimintaa rahoittaa nykyään Sosiaali- ja terveysjärjestöjen avustuskeskus (STEA, ent. RAY). Nykyinen hankkeen henkilöstö löytyy Yhteystiedot välilehdeltä.